Esta opção pode ser configurada tanto no horário do funcionário, selecionando a opção Almoço livre, ou manualmente na tela de Cálculos clicando com o botão direito do mouse no dia desejado - Marcar almoço livre.

Com esta opção selecionada, o sistema compensa as horas extras com as faltas somente nas marcações que se referem ao horário de almoço (Saí.1 - Ent.2). Veja um exemplo de cálculo com esta opção desmarcada:

Note que o sistema gerou 30 minutos de faltas e 30 de extras. Veja agora um exemplo com a opção marcada:

Note que, após marcar a opção Almoço livre, ao invés do sistema contabilizar 30 minutos como extras e os outros 30 como faltas, ele compensou as horas faltas com as horas extras.

Em caso de dúvidas, contate o suporte.